「登録人数」とは「ユーザー管理」>「ユーザー」のページにある「ユーザー一覧」に表示されるユーザー数でしょうか? また、受講済みの人を削除すれば登録人数を減らせますか?

はい、そうです。現状のユーザー一覧からユーザーの削除を行うと「登録人数」は減り、ユーザーの新規作成でユーザーの追加を行うと「登録人数」は増えます。
例えば、プラン50でご契約の場合は、登録できるユーザー数は50名ですので、51名目のユーザを登録されると「ユーザー登録数が上限に達しています。」と表示され登録にストップがかかります。知らないうちに登録人数が契約人数を上回ってしまうことはありません。
●ユーザーの削除について
ユーザーを削除すると、レポートで表示される一覧から、削除したユーザーの情報は無くなります。削除されたユーザーが削除される前に発信した「問い合わせ」については、問い合わせの文は残りますが発信者は空欄となります。ユーザーの削除は、条件が揃えば削除は簡単ですが、履歴は復活できませんのでご注意ください。